以下是由营养不良（肠道菌群失衡）引起的最重要的疾病或并发症：
呼吸系统（J00-J99）
- 过敏性鼻炎（过敏性鼻炎）。
- 支气管哮喘
- 支气管炎 –支气管粘膜发炎。
- 慢性鼻炎（鼻炎）
- 喉炎（喉炎）
- 中耳炎（中耳发炎）
- 鼻窦炎（鼻窦炎）
造血器官–免疫系统（D50-D90）
内分泌，营养和代谢性疾病（E00-E90）。
皮肤和皮下（L00-L99）
- 特应性湿疹（神经性皮炎）
- 荨麻疹（荨麻疹）
口，食道（食道）， 胃和小肠（K00-K67; K90-K93）。
- 慢性胃炎 （胃发炎 黏膜).
- 慢性炎症性肠病 – 溃疡性结肠炎, 克罗恩病.
- 肠道真菌病（肠道真菌病）。
- 腹泻（腹泻）
- 憩室炎 –肠壁突起（憩室）发炎。
- 憩室 –肠壁突起。
- 肠炎（炎性疾病 小肠).
- 便秘（便秘）
- 坏死性小肠结肠炎（NEC）–在大多数情况下会影响回肠末端（小肠的最后部分）或升结肠的炎症性肠病； 会影响到妊娠5周之前或出生体重小于10克的所有婴儿中的32％至1,500％； γ-变形杆菌的比例增加，少量发现有Negativicutes和梭状芽胞杆菌
- 反流 食管炎 （由于酸性胃液和其他胃内容物进入食道（食道）而引起的食管炎（lat。refluere =回流））。
- 肠易激综合症 （IBS）–功能性肠病，其中没有发现致病性疾病。
- 丘脑溃疡（胃溃疡）
症状和异常的临床及实验室发现未在其他地方分类（R00-R99）。
- 气象论（肠胃气胀）
心理–神经系统（F00-F99; G00-G99）
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